​C'est au cours du dernier tiers du XVIIème, vers 1667, que les Bergonnes sont habitées essentiellement par des grangiers. On peut relever Aimé BELLOD-CHAUDET du Petit Abergement, Philippe CAILLAT du Grand Abergement et André SAGE de Chézery, fils de Jean SAGE également grangier dans les montagnes. 

Pendant la première moitié du XVIIIème, trois fermes semblent habitées.

La première, sans doute la plus ancienne, par la famille BAILLY. Etienne BAILLY BONAY, fils de Pierre est signalé aux Bergonnes à partir de 1711. Romain BAILLY, Maréchal, fils d'Etienne, lui succéda, mais il mourut de la peste en 1749 en ne laissant qu'un fils unique agé de 40 ans.

La ferme passa alors à son neveu Pierre Romain, fils de Louis. A la génération suivante, les trois fils de Pierre Romain restèrent aux Bergonnes: Joseph Marie, Jean Pierre et Pierre Romain. Ce dernier partit ensuite à Guéroz.

Vers 1830, cette ferme était habitée par Joseph et son fils François (?) et par Jean Pierre et ses fils Anthelme et Isidore.

On trouve la famille BERNE implantée ultérieurement, Joseph BERNE, fils de Jean Baptiste d'Hotonnes est mentionné vers 1737. Ses deux fils lui succèdent: Claude et Joseph. A la génération suivante, on trouve Jean Baptiste, fils de Claude et deux fils de Joseph, Amand et Etienne.

Quant à la famille FAVRE MERCURET, on signale Bernard FAVRE MERCURET, fils de Pierre d'Hotonnes, vers 1724. Après sa mort, les Bergonnes sont habitées par ses deux fils, Joseph et Georges, puis par Romain, fils de Georges qui y vit jusqu'en 1814.
 

Différentes fermes des Bergonnes ont servi aux activités du maquis.